宝禄网络服务器用户指南
v1.0 by baolu @20211117
网络服务器介绍
群集名字：宝禄BL-88144-P2-HPC
（1）计算工作能力：总计算CPU关键144个（含管理方法节点）
（2）电脑操作系统：centos 7.6向下兼容
（3）群集管理方法/作业生产调度：群集管理系统软件
（4）存储量：24T
（5）管理：千兆管理
（6）两路CPU序列：3个计算节点： 每节点48个物理学关键/192G运行内存
1.2实际配备
1、管理方法节点/计算节点
管理/计算节点（4U）
2颗Xeon Platinum 8255C 最新版本CPU 2.5GHz 睿频3.9 24核48进程，配备密度高的四道通运行内存组192G RECC DDR4 2933快速运行内存，480G PCI-E 商业版SSD计算系统软件，配备 8TB私有云快速储存.适用阵列卡(RAID 0,1,10)，ITENL 2*1000M内嵌式控制板, 原装服务器电源850W。合乎 80 PLUS® Platinum 和 ENERGY STAR® 环保节能规范
2、计算机
台式电脑
CPU：i5 11500 散 6核12进程
热管散热器：九州风神400K
电脑主板：asus B560M-K
运行内存：金士顿16G DDR4 3200
C盘：金士顿480G M.2固态硬盘
显示屏：27寸AOC
机箱电源：航嘉机箱 航嘉400W
电脑显卡：asus1050Ti 4G
键盘和鼠标：罗技光学套服
1.3配套设施商品
8口全千兆 SFP 网口交换机1台
10GB 万兆网卡2张
千兆漏线2条
8口全千兆交换机1台
1.4在出厂预组装
系统软件：centos7.6
用户：baolu、baolu2
1.5计算手机软件：
VASP（包括VTST、OPTCELL、VASPSOL，pNBO，SSAdNDP软件、Wannier、BEEF），VASPKIT，Materials studio 、qvasp、ShengBTE、Phonopy3py、BoltzTraP、lammps、cp2k
1.6 IPMI：账号ADMIN
node0登陆密码MKTSNRUJRM
node1密码 MCWXHQLXLA
node2登陆密码 MKORHOOLQM
1.7内部网 IP：
192.168.1.100 node0
192.168.1.101 node1
192.168.1.102 node2
二、系统软件自然环境
2.1 硬件配置
依据用户必须，现阶段 baolu 网络服务器的基本配备为：
在其中：node0为管理方法节点，node1、node2为计算节点。
2.2 用户自然环境（各节点同样）
账号管理方法：root（登陆密码*********）
baolu1（密码*****）
baolu2（登陆密码*****）
依据用户必须，现阶段除root超级用户账号外，建立了 baolu，baolu1, baolu2账号。在其中，root为超级用户账号，baolu为系统软件布署账号，baolu1~2是一般账号。
用户网站根目录：
baolu账号根目录为 /home/baolu
baolu1~2账号的网站根目录为 /home/baolu1、/share/home/baolu2
2.3 软件开发平台
依据用户必须，已经提前组装如下所示手机软件：
系统软件：
Vaspkit/1.3.0
P4vasp/0.3.30
Vtstscripts/978
Qvasp/2.2
MS/2019.1
Wannier/2.1.0
Boltztrap/1.2.5
Vasp/5.4.4
Shengbte/1.1.1
Alamode/1.1.0
cp2k/6.1
lammps/31Mar17-icc15-mpich3.3
编译程序专用工具：
gcc编译器（系统软件默认设置，版本号为 gcc8.4 )
intelc语言编译器：intel/2019
mpi编译器：mpich/3.3.2-gcc4.8、mpich/3.3.2-icc15、impi/5.0.1.035、openmpi/4.4.1-gcc4.8
常见库：
FFTW数学课库：fftw/3.3.8-gcc4.8 、fftw/3.3.8-gcc4.8-mpich3.3
MKL数学库：mkl/15.0.0
专用工具：
cmake/3.20.3
p7zip/16.02
python自然环境：python/2.7_anaconda_5.3.1，python/3.8_anaconda_2021.05
用户可以按照本身每日任务要求，载入必须的系统软件并应用。
补充说明：
专业软件自然环境安装文件为：/share/soft，安装包部位为：/share/soft/pkgs，应用 baolu 账号开展编译程序组装。
因为手机软件依靠的编译程序、软件环境不完全一致，一部分运用对c语言编译器版本号也有规定，因此提议用户按需加上软件开发平台，而不是把全部运用所有载入（很有可能存有矛盾或bug）。
三、手机软件载入
系统系统变量已经组装实施在/home/baolu/.bashrc，它可以便捷的载入、卸载掉、转换系统软件自然环境，应用方法比较简单。
命令如下所示：
source /home/baolu/.bashrc
应用vasp软件：
立即实行 vasp 指令就可以，提议相互配合下边详细介绍的 PBS 作业智能监控系统，应用作业递交脚本制作开展作业递交。
四、作业管理方法
本群集应用 torque PBS 作业智能管理系统，常见脚本制作介绍如下所示：
（1）vasp脚本制作
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=node2:ppn=8 特定节点2，用8核计算
#PBS -l walltime=1500:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -V
cd /share/test/kong
mpirun -np 8 vasp_std > out
（2）跨节点并行处理计算
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=1500:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -V
cd /data/H2O
mpirun -machinefile mfile vasp_std > out
备注名称：
1、-machinefile为跨节点并行处理计算指令
2、在作业文件目录下建立mfile文档，并在里面载入(特定node1和node2节点各用20核计算）：
node1:20
node2:20
网络服务器应用常见问题
启动次序：先管理方法节点后计算节点
待机次序：先计算节点后管理方法节点
计算节点重新启动后，假如认不上共享资源储存盘，输入您：mount -t nfs node0:/share /share
六、服务支持
宝禄网络服务器会给予连续的服务支持工作中，用户有系统软件硬件配置、手机软件层面的需求时，可以在线留言。联系电话为：
手机：0752-7897707
电子邮箱：156449799@qq.com
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